Codes_Stage_M1

Ce répertoire contient les codes de Lévy Méliga Yonguet pour son stage de Master 1 (Promotion 2023-2024).

Les éléments présents

Les codes permettant de manipuler et analyser les fichiers de séquence. Pour chaque code, il y aura sa version executable et sa version non exécutable. Cette dernière n'a pas pour but d'être utilisée, mais c'est pour que vous puissiez observer le code (si vous le souhaitez) sachant que des commentaires et explications y sont présents.

Pré-requis

Les éléments requis pour utiliser les codes :

• Les fichiers fasta
• Les fichiers d'annotations associés à ces fasta
• Fichiers .dat
• Fichiers .hmm

Lancement

Il n'y a absolument rien à installer. Pour lancer le programme, vous devez :

• Télécharger le fichier compressé
• Le dézipper (normalement, il devrait contenir le nom du programme en format exécutable accompagné d'un dossier _internal. Laissez-le tel quel)
• Lancez la commande exemple: Executez la commande ``./exec arg1 arg2` dans le terminal. Assurez-vous juste d'avoir les fichiers placés en arguments.

Fabriqué avec

• Visual Studio Code - 1.82.0 : Editeur de code
• Python - 3.10.12 : Langage de programmation
• Module re (Python) : Gestion des expressions régulières
• Module argparse (Python) : Gestion des arguments passés à un script Python depuis la ligne de commande
• Module os (Python) : Interaction directe avec le système d’exploitation
• Module BioPython - 1.83 : Manipulation de données biologiques via Python
• Pyinstaller - 6.8.0 : Transforme un script Python en exécutable

Versions

Version actuelle : 1 Liste des versions : Cliquer pour afficher (pour le lien mettez simplement l'URL de votre projets suivi de /tags)

Auteur(s)

• Lévy Méliga Yonguet alias lmeliga