Skip to content

Commit b077b84

Browse files
brockclarkecgreene
brockclarke
and
cgreene
committed
DNA Methylation introduction section (#956)
This build is based on 7813077. This commit was created by the following Travis CI build and job: https://travis-ci.org/greenelab/deep-review/builds/566537173 https://travis-ci.org/greenelab/deep-review/jobs/566537174 [ci skip] The full commit message that triggered this build is copied below: DNA Methylation introduction section (#956) * First few edits * final draft * Update citation-tags.tsv * Update content/04.study.md Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/04.study.md Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/04.study.md Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/04.study.md Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/04.study.md Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * changes in response to review here added refs and revised some language * Update content/04.study.md Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/04.study.md Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/04.study.md Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update 04.study.md * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Anthony Gitter <[email protected]> * delete Rhistory * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Restore webpage files * Update 04.study.md correcting spelling error for Roberston * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]> * Update content/citation-tags.tsv Co-Authored-By: Casey Greene <[email protected]>
1 parent 0877551 commit b077b84

6 files changed

+2175
-592
lines changed

‎citations.tsv

+22
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -198,6 +198,7 @@ tag:Lisboa2006_review doi:10.1016/j.neunet.2005.10.007 doi:10.1016/j.neunet.2005
198198
tag:Schmidhuber2014_dnn_overview doi:10.1016/j.neunet.2014.09.003 doi:10.1016/j.neunet.2014.09.003 BQS8ClV0
199199
doi:10.1016/j.neuron.2017.06.011 doi:10.1016/j.neuron.2017.06.011 doi:10.1016/j.neuron.2017.06.011 Oc2wJ1JO
200200
tag:Pratt2016_dr doi:10.1016/j.procs.2016.07.014 doi:10.1016/j.procs.2016.07.014 ayTsooEM
201+
tag:Nazor2012 doi:10.1016/j.stem.2012.02.013 doi:10.1016/j.stem.2012.02.013 ngGW3W1c
201202
doi:10.1016/j.tibs.2014.07.002 doi:10.1016/j.tibs.2014.07.002 doi:10.1016/j.tibs.2014.07.002 15c9V9Hm1
202203
doi:10.1016/j.tig.2015.05.007 doi:10.1016/j.tig.2015.05.007 doi:10.1016/j.tig.2015.05.007 J0PJHcHK
203204
doi:10.1016/j.ymeth.2016.06.001 doi:10.1016/j.ymeth.2016.06.001 doi:10.1016/j.ymeth.2016.06.001 2Ftmbvt4
@@ -228,14 +229,17 @@ tag:Swamidass2009_irv doi:10.1021/ci8004379 doi:10.1021/ci8004379 cjj5vT3H
228229
doi:10.1021/jm048957q doi:10.1021/jm048957q doi:10.1021/jm048957q YO41GAOP
229230
doi:10.1037/h0037350 doi:10.1037/h0037350 doi:10.1037/h0037350 cpNVdlL7
230231
doi:10.1038/484155a doi:10.1038/484155a doi:10.1038/484155a 1FjSxrV1k
232+
tag:Wilhelm-Benartzi2013 doi:10.1038/bjc.2013.496 doi:10.1038/bjc.2013.496 15Yz3j9AA
231233
doi:10.1038/msb4100129 doi:10.1038/msb4100129 doi:10.1038/msb4100129 8CiDACi3
234+
tag:Meissner2008 doi:10.1038/nature07107 doi:10.1038/nature07107 GHUxzaAg
232235
tag:Barash2010_splicing_code doi:10.1038/nature09000 doi:10.1038/nature09000 11ETDdRKr
233236
tag:Consortium2012_encode doi:10.1038/nature11247 doi:10.1038/nature11247 15J98V2qM
234237
doi:10.1038/nature14539 doi:10.1038/nature14539 doi:10.1038/nature14539 BeijBSRE
235238
tag:Silver2016_alphago doi:10.1038/nature16961 doi:10.1038/nature16961 2gn6PKkv
236239
doi:10.1038/nature21056 doi:10.1038/nature21056 doi:10.1038/nature21056 XnYNYoYB
237240
tag:Esteva2017_skin_cancer_nature doi:10.1038/nature21056 doi:10.1038/nature21056 XnYNYoYB
238241
doi:10.1038/nbt.2486 doi:10.1038/nbt.2486 doi:10.1038/nbt.2486 fv4f2GgS
242+
tag:Liu2013 doi:10.1038/nbt.2487 doi:10.1038/nbt.2487 1Bv07XXcO
239243
tag:Alipanahi2015_predicting doi:10.1038/nbt.3300 doi:10.1038/nbt.3300 jJHZHWrl
240244
doi:10.1038/nbt.3313 doi:10.1038/nbt.3313 doi:10.1038/nbt.3313 yXqhuueV
241245
doi:10.1038/nbt.3780 doi:10.1038/nbt.3780 doi:10.1038/nbt.3780 Qh7xTLwz
@@ -262,6 +266,8 @@ doi:10.1038/nrd4609 doi:10.1038/nrd4609 doi:10.1038/nrd4609 79Ktl2
262266
tag:Gawad2016_singlecell doi:10.1038/nrg.2015.16 doi:10.1038/nrg.2015.16 1AWC7HsO0
263267
tag:Scotti2016_missplicing doi:10.1038/nrg.2015.3 doi:10.1038/nrg.2015.3 QFK6GapR
264268
tag:Bracken2016_mirna doi:10.1038/nrg.2016.134 doi:10.1038/nrg.2016.134 yVKIhIAf
269+
tag:Robertson2005 doi:10.1038/nrg1655 doi:10.1038/nrg1655 CVPBvIV3
270+
tag:Laird2010 doi:10.1038/nrg2732 doi:10.1038/nrg2732 ypI0fkMc
265271
doi:10.1038/nrg2813 doi:10.1038/nrg2813 doi:10.1038/nrg2813 T3GG8iJN
266272
tag:Berezikov2011_mirna doi:10.1038/nrg3079 doi:10.1038/nrg3079 8lpCCppx
267273
doi:10.1038/nrg3208 doi:10.1038/nrg3208 doi:10.1038/nrg3208 FkSZ1qmz
@@ -278,7 +284,10 @@ tag:Wu2017_molecule_net doi:10.1039/C7SC02664A doi:10.1039/c7sc02664a 11QhcW8tX
278284
tag:Wasson1985_clinical doi:10.1056/NEJM198509263131306 doi:10.1056/nejm198509263131306 xX68eyvs
279285
doi:10.1056/NEJMe1516564 doi:10.1056/NEJMe1516564 doi:10.1056/nejme1516564 o0F1MXBC
280286
doi:10.1056/NEJMp1006304 doi:10.1056/NEJMp1006304 doi:10.1056/nejmp1006304 VOQtVhWs
287+
tag:Feinberg2018 doi:10.1056/NEJMra1402513 doi:10.1056/nejmra1402513 kwOioB4i
288+
tag:Fraga2005 doi:10.1073/pnas.0500398102 doi:10.1073/pnas.0500398102 mJjfXdG7
281289
doi:10.1073/pnas.0805923106 doi:10.1073/pnas.0805923106 doi:10.1073/pnas.0805923106 kboAopkh
290+
tag:Horvath2014 doi:10.1073/pnas.1412759111 doi:10.1073/pnas.1412759111 FVTmPo4j
282291
doi:10.1073/pnas.2136655100 doi:10.1073/pnas.2136655100 doi:10.1073/pnas.2136655100 9XBPQ8b
283292
tag:Baskin2015_drug_disc doi:10.1080/17460441.2016.1201262 doi:10.1080/17460441.2016.1201262 xPkT1z7D
284293
doi:10.1083/jcb.201610026 doi:10.1083/jcb.201610026 doi:10.1083/jcb.201610026 McjXFLLq
@@ -314,11 +323,13 @@ doi:10.1093/bioinformatics/btw486 doi:10.1093/bioinformatics/btw486 doi:10.1093/
314323
tag:Shaham2016_batch_effects doi:10.1093/bioinformatics/btx196 doi:10.1093/bioinformatics/btx196 1ERrBiqG7
315324
doi:10.1093/bioinformatics/btx264 doi:10.1093/bioinformatics/btx264 doi:10.1093/bioinformatics/btx264 12i8Apfdc
316325
doi:10.1093/database/bax024 doi:10.1093/database/bax024 doi:10.1093/database/bax024 14afj7TT1
326+
tag:Titus2017 doi:10.1093/hmg/ddx275 doi:10.1093/hmg/ddx275 hyg2tIyy
317327
doi:10.1093/ije/dyn022 doi:10.1093/ije/dyn022 doi:10.1093/ije/dyn022 CVnO5njl
318328
doi:10.1093/ije/dyu188 doi:10.1093/ije/dyu188 doi:10.1093/ije/dyu188 SfxIiPJ1
319329
doi:10.1093/ije/dyv193 doi:10.1093/ije/dyv193 doi:10.1093/ije/dyv193 1D6b3tMu9
320330
doi:10.1093/jamia/ocv111 doi:10.1093/jamia/ocv111 doi:10.1093/jamia/ocv111 2cYqPKf1
321331
doi:10.1093/jamia/ocw011 doi:10.1093/jamia/ocw011 doi:10.1093/jamia/ocw011 A9JeoGV8
332+
tag:Kresovich2019 doi:10.1093/jnci/djz020 doi:10.1093/jnci/djz020 W9dr5TsC
322333
tag:Hoff doi:10.1093/nar/gkp327 doi:10.1093/nar/gkp327 q1A2AEtO
323334
doi:10.1093/nar/gkp335 doi:10.1093/nar/gkp335 doi:10.1093/nar/gkp335 dwj6qSn3
324335
doi:10.1093/nar/gkq747 doi:10.1093/nar/gkq747 doi:10.1093/nar/gkq747 QlbXLqH
@@ -385,6 +396,7 @@ doi:10.1101/gr.110254.110 doi:10.1101/gr.110254.110 doi:10.1101/gr.110254.110 G0
385396
doi:10.1101/gr.127712.111 doi:10.1101/gr.127712.111 doi:10.1101/gr.127712.111 gsSLr9vf
386397
doi:10.1101/gr.200535.115 doi:10.1101/gr.200535.115 doi:10.1101/gr.200535.115 2CbHXoFn
387398
tag:Kelley2016_basset doi:10.1101/gr.200535.115 doi:10.1101/gr.200535.115 2CbHXoFn
399+
tag:Salas2018_GR doi:10.1101/gr.233213.117 doi:10.1101/gr.233213.117 1Ckbonoy0
388400
tag:Abe doi:10.1101/gr.634603 doi:10.1101/gr.634603 1HhqhBwrM
389401
doi:10.1103/RevModPhys.34.135 doi:10.1103/RevModPhys.34.135 doi:10.1103/revmodphys.34.135 1G5eCiq4d
390402
tag:Chryssolouris1996_confidence doi:10.1109/72.478409 doi:10.1109/72.478409 9SnNyc8Y
@@ -454,29 +466,35 @@ doi:10.1155/2013/769639 doi:10.1155/2013/769639 doi:10.1155/2013/769639 3JyJ3DTh
454466
doi:10.1155/2014/240403 doi:10.1155/2014/240403 doi:10.1155/2014/240403 14uLNRP38
455467
doi:10.1155/2016/1850404 doi:10.1155/2016/1850404 doi:10.1155/2016/1850404 ULZPgbOq
456468
doi:10.1155/2016/8479587 doi:10.1155/2016/8479587 doi:10.1155/2016/8479587 19r6xFsZQ
469+
tag:Kwabi-Addo2007 doi:10.1158/1078-0432.CCR-07-0085 doi:10.1158/1078-0432.ccr-07-0085 pMCJmea0
457470
doi:10.1158/1078-0432.CCR-13-0583 doi:10.1158/1078-0432.CCR-13-0583 doi:10.1158/1078-0432.ccr-13-0583 pEIw87Mp
458471
doi:10.1162/NECO_a_00924 doi:10.1162/NECO_a_00924 doi:10.1162/neco_a_00924 WMwUw1o4
459472
tag:Abramoff2016_dr doi:10.1167/iovs.16-19964 doi:10.1167/iovs.16-19964 e3vyHBV2
460473
tag:Salzberg doi:10.1186/1471-2105-11-544 doi:10.1186/1471-2105-11-544 c4rnN1wo
461474
tag:yok doi:10.1186/1471-2105-12-20 doi:10.1186/1471-2105-12-20 qUGH5CX8
475+
tag:Houseman2012 doi:10.1186/1471-2105-13-86 doi:10.1186/1471-2105-13-86 jAbFiCUP
462476
doi:10.1186/1758-2946-5-30 doi:10.1186/1758-2946-5-30 doi:10.1186/1758-2946-5-30 M1EW8Rfl
463477
tag:Stratnikov doi:10.1186/2049-2618-1-11 doi:10.1186/2049-2618-1-11 c5P9jHCg
464478
tag:Stein2010_cloud doi:10.1186/gb-2010-11-5-207 doi:10.1186/gb-2010-11-5-207 q0SsFrZd
479+
tag:Horvath2013 doi:10.1186/gb-2013-14-10-r115 doi:10.1186/gb-2013-14-10-r115 AWLDxZwA
465480
tag:Zeng2015 doi:10.1186/s12859-015-0553-9 doi:10.1186/s12859-015-0553-9 z3I2IudI
466481
tag:Ding doi:10.1186/s12859-015-0753-3 doi:10.1186/s12859-015-0753-3 5W4KMSdT
467482
tag:Ditzler doi:10.1186/s12859-015-0793-8 doi:10.1186/s12859-015-0793-8 1AN5UPfb1
468483
doi:10.1186/s12859-015-0845-0 doi:10.1186/s12859-015-0845-0 doi:10.1186/s12859-015-0845-0 18lqFDKRR
469484
tag:Chen2016_exprs_yeast doi:10.1186/s12859-015-0852-1 doi:10.1186/s12859-015-0852-1 yVBx9Qx4
485+
tag:Houseman2016 doi:10.1186/s12859-016-1140-4 doi:10.1186/s12859-016-1140-4 191VNF80b
470486
doi:10.1186/s12859-017-1561-8 doi:10.1186/s12859-017-1561-8 doi:10.1186/s12859-017-1561-8 qnKdqG0P
471487
doi:10.1186/s12859-017-1609-9 doi:10.1186/s12859-017-1609-9 doi:10.1186/s12859-017-1609-9 1F5aZYjOB
472488
doi:10.1186/s12859-017-1700-2 doi:10.1186/s12859-017-1700-2 doi:10.1186/s12859-017-1700-2 3nZqSy6z
473489
doi:10.1186/s12859-017-1757-y doi:10.1186/s12859-017-1757-y doi:10.1186/s12859-017-1757-y 18QrMkpC5
474490
tag:Darst2018 doi:10.1186/s12863-018-0646-3 doi:10.1186/s12863-018-0646-3 bnD7Q1cQ
475491
tag:Tian2019 doi:10.1186/s12864-019-5488-5 doi:10.1186/s12864-019-5488-5 NzYX9e9i
492+
tag:Zhang2019 doi:10.1186/s12885-019-5932-6 doi:10.1186/s12885-019-5932-6 zyuP2u2w
476493
tag:Islam2018 doi:10.1186/s12919-018-0121-1 doi:10.1186/s12919-018-0121-1 1GRpO6k1o
477494
tag:Gerstein2016_scaling doi:10.1186/s13059-016-0917-0 doi:10.1186/s13059-016-0917-0 1E7bFCRV4
478495
tag:Angermueller2016_single_methyl doi:10.1186/s13059-017-1189-z doi:10.1186/s13059-017-1189-z 19EJTHByG
479496
tag:Angermueller2017 doi:10.1186/s13059-017-1189-z doi:10.1186/s13059-017-1189-z 19EJTHByG
497+
tag:Salas2018 doi:10.1186/s13059-018-1448-7 doi:10.1186/s13059-018-1448-7 1CUh3SDNG
480498
doi:10.1186/s13073-016-0288-x doi:10.1186/s13073-016-0288-x doi:10.1186/s13073-016-0288-x KJjibUtO
481499
tag:Lusci2015_irv doi:10.1186/s13321-015-0110-6 doi:10.1186/s13321-015-0110-6 1E0x7QgLP
482500
doi:10.1186/s13321-016-0165-z doi:10.1186/s13321-016-0165-z doi:10.1186/s13321-016-0165-z Sn8TwSQK
@@ -501,6 +519,8 @@ tag:Wang2016_protein_contact doi:10.1371/journal.pcbi.1005324 doi:10.1371/journa
501519
tag:Qin2017_onehot doi:10.1371/journal.pcbi.1005403 doi:10.1371/journal.pcbi.1005403 Qbtqlmhf
502520
doi:10.1371/journal.pcbi.1005690 doi:10.1371/journal.pcbi.1005690 doi:10.1371/journal.pcbi.1005690 Oc6JOTS6
503521
doi:10.1371/journal.pcbi.1007128 doi:10.1371/journal.pcbi.1007128 doi:10.1371/journal.pcbi.1007128 YuJbg3zO
522+
tag:Christensen2009 doi:10.1371/journal.pgen.1000602 doi:10.1371/journal.pgen.1000602 4zLbWhjO
523+
tag:Relton2010 doi:10.1371/journal.pmed.1000356 doi:10.1371/journal.pmed.1000356 pbX22J7v
504524
doi:10.1371/journal.pone.0028766 doi:10.1371/journal.pone.0028766 doi:10.1371/journal.pone.0028766 10dNuD89l
505525
doi:10.1371/journal.pone.0032235 doi:10.1371/journal.pone.0032235 doi:10.1371/journal.pone.0032235 1AlhRKQbe
506526
tag:Liu doi:10.1371/journal.pone.0053253 doi:10.1371/journal.pone.0053253 Vb3Fwx7d
@@ -522,6 +542,7 @@ tag:JuanMateu2016_t1d doi:10.1530/EJE-15-0916 doi:10.1530/eje-15-0916 CNz9HwZ3
522542
tag:Parnamaa2017 doi:10.1534/g3.116.033654 doi:10.1534/g3.116.033654 2a7MHtAx
523543
doi:10.1561/0400000042 doi:10.1561/0400000042 doi:10.1561/0400000042 v8Lp4ibI
524544
doi:10.1590/2176-9451.19.4.027-029.ebo doi:10.1590/2176-9451.19.4.027-029.ebo doi:10.1590/2176-9451.19.4.027-029.ebo Fx5qVQlk
545+
tag:Quach2017 doi:10.18632/aging.101168 doi:10.18632/aging.101168 8i1LNUx2
525546
doi:10.18653/v1/w15-3810 doi:10.18653/v1/w15-3810 doi:10.18653/v1/w15-3810 LeLKNlsR
526547
doi:10.18653/v1/w15-3814 doi:10.18653/v1/w15-3814 doi:10.18653/v1/w15-3814 E0XYyYBe
527548
doi:10.18653/v1/w15-3822 doi:10.18653/v1/w15-3822 doi:10.18653/v1/w15-3822 pWpK5WUq
@@ -532,6 +553,7 @@ doi:10.18653/v1/w17-2304 doi:10.18653/v1/w17-2304 doi:10.18653/v1/w17-2304 1H4fy
532553
doi:10.18653/v1/w17-2328 doi:10.18653/v1/w17-2328 doi:10.18653/v1/w17-2328 zPnsAqyX
533554
doi:10.18653/v1/w17-2341 doi:10.18653/v1/w17-2341 doi:10.18653/v1/w17-2341 8YmxYueq
534555
doi:10.18653/v1/w17-2342 doi:10.18653/v1/w17-2342 doi:10.18653/v1/w17-2342 4QDXEv4C
556+
tag:Teschendorff2017 doi:10.2217/epi-2016-0153 doi:10.2217/epi-2016-0153 cjMBtlVG
535557
doi:10.2307/2281868 doi:10.2307/2281868 doi:10.2307/2281868 6RHepB1T
536558
doi:10.3109/10409238.2015.1135868 doi:10.3109/10409238.2015.1135868 doi:10.3109/10409238.2015.1135868 MmRGFVUu
537559
doi:10.3115/1572392.1572411 doi:10.3115/1572392.1572411 doi:10.3115/1572392.1572411 rw9nA3Y7

0 commit comments

Comments
 (0)