Skip to content

Commit

Permalink
Added PPI section with MHC subsection (#638)
Browse files Browse the repository at this point in the history 
This build is based on
75f0dc2.

This commit was created by the following Travis CI build and job:
https://travis-ci.org/greenelab/deep-review/builds/325010006
https://travis-ci.org/greenelab/deep-review/jobs/325010007

[ci skip]

The full commit message that triggered this build is copied below:

Added PPI section with MHC subsection (#638)

* Added PPI and MHC sections

* Updates to PPI/MHC subsection

* PPI network section

* Updates to all PPI sections

* Commas and header

* Remove accidental newline

* Re-add PPI section reference

", such as those discussed previously for PPI networks,"
  • Loading branch information
@zietzm
zietzm committed Jan 4, 2018
1 parent 2a86be2 commit 4461592
Show file tree
Hide file tree
Showing 6 changed files with 3,165 additions and 353 deletions.
20 changes: 20 additions & 0 deletions citations.tsv
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -117,10 +117,13 @@ string citation standard_citation citation_id
@arxiv:1705.02315 arxiv:1705.02315 arxiv:1705.02315 PGi9g7yV
@arxiv:1705.03261 arxiv:1705.03261 arxiv:1705.03261 M6JCKCLX
@arxiv:1705.09516 arxiv:1705.09516 arxiv:1705.09516 z8hmfrmY
@arxiv:1706.01556v2 arxiv:1706.01556v2 arxiv:1706.01556v2 TNHJioqT
@arxiv:1706.02216v2 arxiv:1706.02216v2 arxiv:1706.02216v2 MwUPw4CD
@arxiv:1706.02633v1 arxiv:1706.02633v1 arxiv:1706.02633v1 1988BRJe3
@tag:Singh2017_attentivechrome arxiv:1708.00339 arxiv:1708.00339 16MNknNBL
@tag:Osokin2017_biogan arxiv:1708.04692 arxiv:1708.04692 zBCcUQOM
@arxiv:1709.02082 arxiv:1709.02082 arxiv:1709.02082 RHqbJgpe
@arxiv:1710.10568v1 arxiv:1710.10568v1 arxiv:1710.10568v1 FMsqNIQ4
@tag:WayGreene2017_eval arxiv:1711.04828 arxiv:1711.04828 rMz1OFc6
@doi:10.1001/jama.2016.17216 doi:10.1001/jama.2016.17216 doi:10.1001/jama.2016.17216 1mJW6umJ
@tag:Gulshan2016_dt doi:10.1001/jama.2016.17216 doi:10.1001/jama.2016.17216 1mJW6umJ
Expand All @@ -145,6 +148,7 @@ string citation standard_citation citation_id
@doi:10.1007/978-3-642-40763-5_51 doi:10.1007/978-3-642-40763-5_51 doi:10.1007/978-3-642-40763-5_51 koEdZRcY
@tag:Ciresan2013_mitosis doi:10.1007/978-3-642-40763-5_51 doi:10.1007/978-3-642-40763-5_51 koEdZRcY
@doi:10.1007/BF02478259 doi:10.1007/BF02478259 doi:10.1007/bf02478259 1HVDhhwpK
@doi:10.1007/s00251-008-0341-z doi:10.1007/s00251-008-0341-z doi:10.1007/s00251-008-0341-z QxZTL7xX
@doi:10.1007/s10278-016-9914-9 doi:10.1007/s10278-016-9914-9 doi:10.1007/s10278-016-9914-9 x6HXFAS4
@tag:Rajkomar2017_radiographs doi:10.1007/s10278-016-9914-9 doi:10.1007/s10278-016-9914-9 x6HXFAS4
@tag:Kearnes2016_graph_conv doi:10.1007/s10822-016-9938-8 doi:10.1007/s10822-016-9938-8 145os4Y6t
Expand All @@ -160,6 +164,7 @@ string citation standard_citation citation_id
@doi:10.1016/j.drudis.2006.06.016 doi:10.1016/j.drudis.2006.06.016 doi:10.1016/j.drudis.2006.06.016 1D6emOV6q
@doi:10.1016/j.ijmedinf.2016.09.014 doi:10.1016/j.ijmedinf.2016.09.014 doi:10.1016/j.ijmedinf.2016.09.014 1Ar4f4vfR
@tag:Ithapu2015_efficient doi:10.1016/j.jalz.2015.01.010 doi:10.1016/j.jalz.2015.01.010 eehGXQlY
@doi:10.1016/j.jbi.2007.11.008 doi:10.1016/j.jbi.2007.11.008 doi:10.1016/j.jbi.2007.11.008 xEQI6dXW
@doi:10.1016/j.jbi.2014.03.016 doi:10.1016/j.jbi.2014.03.016 doi:10.1016/j.jbi.2014.03.016 1C97CTU9S
@doi:10.1016/j.jbi.2014.10.006 doi:10.1016/j.jbi.2014.10.006 doi:10.1016/j.jbi.2014.10.006 13filvWwr
@doi:10.1016/j.jbi.2016.10.007 doi:10.1016/j.jbi.2016.10.007 doi:10.1016/j.jbi.2016.10.007 5x3uMSKi
Expand All @@ -175,13 +180,15 @@ string citation standard_citation citation_id
@tag:Schmidhuber2014_dnn_overview doi:10.1016/j.neunet.2014.09.003 doi:10.1016/j.neunet.2014.09.003 BQS8ClV0
@tag:Pratt2016_dr doi:10.1016/j.procs.2016.07.014 doi:10.1016/j.procs.2016.07.014 ayTsooEM
@doi:10.1016/j.tig.2015.05.007 doi:10.1016/j.tig.2015.05.007 doi:10.1016/j.tig.2015.05.007 J0PJHcHK
@doi:10.1016/j.ymeth.2016.06.001 doi:10.1016/j.ymeth.2016.06.001 doi:10.1016/j.ymeth.2016.06.001 2Ftmbvt4
@tag:matis doi:10.1016/S0097-8485(96)80015-5 doi:10.1016/s0097-8485(96)80015-5 3Ew5V1iC
@tag:Mahmood doi:10.1016/S0140-6736(13)61752-3 doi:10.1016/s0140-6736(13)61752-3 N96QKgly
@tag:Xiang doi:10.1016/S0167-9473(99)00098-5 doi:10.1016/s0167-9473(99)00098-5 1921Mctzh
@tag:Serden doi:10.1016/S0168-8510(02)00208-7 doi:10.1016/s0168-8510(02)00208-7 7BctyA7f
@tag:Tu1996_anns doi:10.1016/S0895-4356(96)00002-9 doi:10.1016/s0895-4356(96)00002-9 kL0B4m9d
@tag:Subramanian2016_bace1 doi:10.1021/acs.jcim.6b00290 doi:10.1021/acs.jcim.6b00290 B4cL1o2P
@tag:Pereira2016_docking doi:10.1021/acs.jcim.6b00355 doi:10.1021/acs.jcim.6b00355 Gue0c5Gb
@doi:10.1021/acs.jcim.7b00028 doi:10.1021/acs.jcim.7b00028 doi:10.1021/acs.jcim.7b00028 rVgq22nD
@doi:10.1021/acs.jcim.7b00146 doi:10.1021/acs.jcim.7b00146 doi:10.1021/acs.jcim.7b00146 wzHEnMZe
@doi:10.1021/acs.jmedchem.5b01849 doi:10.1021/acs.jmedchem.5b01849 doi:10.1021/acs.jmedchem.5b01849 omzv9ryI
@doi:10.1021/acs.jproteome.6b00618 doi:10.1021/acs.jproteome.6b00618 doi:10.1021/acs.jproteome.6b00618 oTF8O79C
Expand All @@ -198,6 +205,7 @@ string citation standard_citation citation_id
@doi:10.1021/jm048957q doi:10.1021/jm048957q doi:10.1021/jm048957q YO41GAOP
@doi:10.1037/h0037350 doi:10.1037/h0037350 doi:10.1037/h0037350 cpNVdlL7
@doi:10.1038/484155a doi:10.1038/484155a doi:10.1038/484155a 1FjSxrV1k
@doi:10.1038/msb4100129 doi:10.1038/msb4100129 doi:10.1038/msb4100129 8CiDACi3
@tag:Barash2010_splicing_code doi:10.1038/nature09000 doi:10.1038/nature09000 11ETDdRKr
@tag:Consortium2012_encode doi:10.1038/nature11247 doi:10.1038/nature11247 15J98V2qM
@doi:10.1038/nature14539 doi:10.1038/nature14539 doi:10.1038/nature14539 BeijBSRE
Expand Down Expand Up @@ -234,6 +242,7 @@ string citation standard_citation citation_id
@doi:10.1038/srep26094 doi:10.1038/srep26094 doi:10.1038/srep26094 WrNCJ9sO
@tag:Litjens2016_histopath_survey doi:10.1038/srep26286 doi:10.1038/srep26286 dQCjqq0Q
@doi:10.1038/srep32404 doi:10.1038/srep32404 doi:10.1038/srep32404 1G2xP5yOM
@doi:10.1039/C7MB00188F doi:10.1039/C7MB00188F doi:10.1039/c7mb00188f T2lbgFlY
@tag:Wasson1985_clinical doi:10.1056/NEJM198509263131306 doi:10.1056/nejm198509263131306 xX68eyvs
@doi:10.1056/NEJMe1516564 doi:10.1056/NEJMe1516564 doi:10.1056/nejme1516564 o0F1MXBC
@doi:10.1056/NEJMp1006304 doi:10.1056/NEJMp1006304 doi:10.1056/nejmp1006304 VOQtVhWs
Expand Down Expand Up @@ -263,12 +272,15 @@ string citation standard_citation citation_id
@doi:10.1093/bioinformatics/btu703 doi:10.1093/bioinformatics/btu703 doi:10.1093/bioinformatics/btu703 15E5yG1Ho
@doi:10.1093/bioinformatics/btu791 doi:10.1093/bioinformatics/btu791 doi:10.1093/bioinformatics/btu791 7atXz0r
@tag:Chen2015_trans_species doi:10.1093/bioinformatics/btv315 doi:10.1093/bioinformatics/btv315 rmjDc5rm
@doi:10.1093/bioinformatics/btv371 doi:10.1093/bioinformatics/btv371 doi:10.1093/bioinformatics/btv371 FRl0MTLd
@doi:10.1093/bioinformatics/btv472 doi:10.1093/bioinformatics/btv472 doi:10.1093/bioinformatics/btv472 kqjqFesT
@doi:10.1093/bioinformatics/btv639 doi:10.1093/bioinformatics/btv639 doi:10.1093/bioinformatics/btv639 EKi3Bq3D
@tag:Vervier doi:10.1093/bioinformatics/btv683 doi:10.1093/bioinformatics/btv683 8DLzxOEt
@tag:Chen2016_gene_expr doi:10.1093/bioinformatics/btw074 doi:10.1093/bioinformatics/btw074 12QQw9p7v
@tag:Zeng2016_convolutional doi:10.1093/bioinformatics/btw255 doi:10.1093/bioinformatics/btw255 182UhQqzp
@doi:10.1093/bioinformatics/btw343 doi:10.1093/bioinformatics/btw343 doi:10.1093/bioinformatics/btw343 11YUuHulp
@doi:10.1093/bioinformatics/btw486 doi:10.1093/bioinformatics/btw486 doi:10.1093/bioinformatics/btw486 8NrcroGt
@doi:10.1093/bioinformatics/btx264 doi:10.1093/bioinformatics/btx264 doi:10.1093/bioinformatics/btx264 12i8Apfdc
@doi:10.1093/database/bax024 doi:10.1093/database/bax024 doi:10.1093/database/bax024 14afj7TT1
@doi:10.1093/ije/dyn022 doi:10.1093/ije/dyn022 doi:10.1093/ije/dyn022 CVnO5njl
@doi:10.1093/ije/dyu188 doi:10.1093/ije/dyu188 doi:10.1093/ije/dyu188 SfxIiPJ1
Expand Down Expand Up @@ -311,9 +323,12 @@ string citation standard_citation citation_id
@tag:Chaudhary2017_multiom_liver_cancer doi:10.1101/114892 doi:10.1101/114892 obeRVckH
@doi:10.1101/125229 doi:10.1101/125229 doi:10.1101/125229 2M3zXijc
@doi:10.1101/138685 doi:10.1101/138685 doi:10.1101/138685 1CAw3FaPI
@doi:10.1101/154757 doi:10.1101/154757 doi:10.1101/154757 1aswoG70
@doi:10.1101/159756 doi:10.1101/159756 doi:10.1101/159756 fbIH12yd
@doi:10.1101/174243 doi:10.1101/174243 doi:10.1101/174243 9ZNxZTxD
@tag:WayGreene2017_tybalt doi:10.1101/174474 doi:10.1101/174474 aWn0df1m
@doi:10.1101/178624 doi:10.1101/178624 doi:10.1101/178624 yJxCo4h1
@doi:10.1101/223339 doi:10.1101/223339 doi:10.1101/223339 dkPu3iv1
@tag:Goldsborough2017_cytogan doi:10.1101/227645 doi:10.1101/227645 1EdCkau6d
@doi:10.1101/gr.110254.110 doi:10.1101/gr.110254.110 doi:10.1101/gr.110254.110 G0J9P3Ln
@doi:10.1101/gr.200535.115 doi:10.1101/gr.200535.115 doi:10.1101/gr.200535.115 2CbHXoFn
Expand All @@ -339,6 +354,7 @@ string citation standard_citation citation_id
@tag:Yu2016_melanoma_resnet doi:10.1109/TMI.2016.2642839 doi:10.1109/tmi.2016.2642839 phRCihNB
@tag:Ditzler3 doi:10.1109/TNB.2015.2461219 doi:10.1109/tnb.2015.2461219 i38A0beL
@tag:Ditzler2 doi:10.1109/TNNLS.2014.2320415 doi:10.1109/tnnls.2014.2320415 O9D66oYa
@doi:10.1110/ps.0239403 doi:10.1110/ps.0239403 doi:10.1110/ps.0239403 ul5VuLBZ
@tag:Knights doi:10.1111/j.1574-6976.2010.00251.x doi:10.1111/j.1574-6976.2010.00251.x aI9g2UOc
@doi:10.1111/j.1740-9713.2016.00960.x doi:10.1111/j.1740-9713.2016.00960.x doi:10.1111/j.1740-9713.2016.00960.x 6co0adq
@tag:Ghosh1992_sequence doi:10.1117/12.140112 doi:10.1117/12.140112 oc44yBj0
Expand Down Expand Up @@ -381,6 +397,7 @@ string citation standard_citation citation_id
@doi:10.1155/2016/1850404 doi:10.1155/2016/1850404 doi:10.1155/2016/1850404 ULZPgbOq
@doi:10.1155/2016/8479587 doi:10.1155/2016/8479587 doi:10.1155/2016/8479587 19r6xFsZQ
@doi:10.1158/1078-0432.CCR-13-0583 doi:10.1158/1078-0432.CCR-13-0583 doi:10.1158/1078-0432.ccr-13-0583 pEIw87Mp
@doi:10.1162/NECO_a_00924 doi:10.1162/NECO_a_00924 doi:10.1162/neco_a_00924 WMwUw1o4
@tag:Abramoff2016_dr doi:10.1167/iovs.16-19964 doi:10.1167/iovs.16-19964 e3vyHBV2
@tag:Salzberg doi:10.1186/1471-2105-11-544 doi:10.1186/1471-2105-11-544 c4rnN1wo
@tag:yok doi:10.1186/1471-2105-12-20 doi:10.1186/1471-2105-12-20 qUGH5CX8
Expand All @@ -394,16 +411,19 @@ string citation standard_citation citation_id
@tag:Chen2016_exprs_yeast doi:10.1186/s12859-015-0852-1 doi:10.1186/s12859-015-0852-1 yVBx9Qx4
@doi:10.1186/s12859-017-1561-8 doi:10.1186/s12859-017-1561-8 doi:10.1186/s12859-017-1561-8 qnKdqG0P
@doi:10.1186/s12859-017-1609-9 doi:10.1186/s12859-017-1609-9 doi:10.1186/s12859-017-1609-9 1F5aZYjOB
@doi:10.1186/s12859-017-1700-2 doi:10.1186/s12859-017-1700-2 doi:10.1186/s12859-017-1700-2 3nZqSy6z
@doi:10.1186/s12859-017-1757-y doi:10.1186/s12859-017-1757-y doi:10.1186/s12859-017-1757-y 18QrMkpC5
@tag:Gerstein2016_scaling doi:10.1186/s13059-016-0917-0 doi:10.1186/s13059-016-0917-0 1E7bFCRV4
@tag:Angermueller2016_single_methyl doi:10.1186/s13059-017-1189-z doi:10.1186/s13059-017-1189-z 19EJTHByG
@doi:10.1186/s13073-016-0288-x doi:10.1186/s13073-016-0288-x doi:10.1186/s13073-016-0288-x KJjibUtO
@tag:Lusci2015_irv doi:10.1186/s13321-015-0110-6 doi:10.1186/s13321-015-0110-6 1E0x7QgLP
@doi:10.1186/s13321-016-0165-z doi:10.1186/s13321-016-0165-z doi:10.1186/s13321-016-0165-z Sn8TwSQK
@doi:10.1200/JCO.2008.18.1370 doi:10.1200/JCO.2008.18.1370 doi:10.1200/jco.2008.18.1370 lnK82Ey6
@doi:10.1208/s12248-012-9322-0 doi:10.1208/s12248-012-9322-0 doi:10.1208/s12248-012-9322-0 13iyYvEcB
@tag:Liu2016_sc_transcriptome doi:10.12688/f1000research.7223.1 doi:10.12688/f1000research.7223.1 QafUwNKn
@doi:10.1371/journal.pbio.1001661 doi:10.1371/journal.pbio.1001661 doi:10.1371/journal.pbio.1001661 dKwyEWWF
@doi:10.1371/journal.pbio.1002195 doi:10.1371/journal.pbio.1002195 doi:10.1371/journal.pbio.1002195 13bxiY1vo
@doi:10.1371/journal.pcbi.1000807 doi:10.1371/journal.pcbi.1000807 doi:10.1371/journal.pcbi.1000807 imRWjslx
@doi:10.1371/journal.pcbi.1000837 doi:10.1371/journal.pcbi.1000837 doi:10.1371/journal.pcbi.1000837 c6gbPCdT
@doi:10.1371/journal.pcbi.1002957 doi:10.1371/journal.pcbi.1002957 doi:10.1371/journal.pcbi.1002957 5tvnB4uW
@doi:10.1371/journal.pcbi.1003711 doi:10.1371/journal.pcbi.1003711 doi:10.1371/journal.pcbi.1003711 JxuQvvyk
Expand Down
Loading

0 comments on commit 4461592

Please sign in to comment.