MI-Lab-CSV-FHIR-transformation

Dieses Repository enthält die Übungsmaterialien für die MI-Lab Übung 2 zum Thema Transformation von CSV nach FHIR mit Mirth-Connect und Hapi FHIR.

Inhaltsverzeichnis

1. Docker Installation
2. Docker-Compose
3. Mirth-Connect Installation
4. Docker Netzwerk mit Mirth-Connect
5. Mirth-Connect Ordnerstruktur

Vorraussetzungen: Docker mit Docker-compose, Java

Docker Installation

Docker Desktop

Docker Desktop Download (Windows) Für andere Betriebssysteme siehe Docker Wichtig: Die Installation startet einmal den Rechner neu

1. Configuration
2. Ohne Anmeldung fortfahren Klicke "Skip" um ohne Anmeldung Docker Desktop zu benutzen
3. Installation abgeschlossen

Docker-Compose

Wichtig: Docker Desktop muss gestartet sein damit mit Docker gearbeitet werden kann.

1. Clone GitHub Repository in neuen Ordner: git clone https://github.com/IMISE/MI-Lab-CSV-FHIR-transformation.git
2. Navigiere vom root Ordner "MI-Lab-CSV-FHIR-transformation" in den "Setup" Ordner mit der Datei "docker-compose.yml"
3. Öffne den Terminal in diesem Ordner
4. Führe den Befehl docker-compose up -d aus Das zieht alle Docker images von einem Server. Der Download dauert ca. 5 min. In Docker Desktop sieht es dann folgendermaßen aus:

Mirth-Connect Installation

1. Im Browser ´localhost:8080´ aufrufen Oder über Docker Desktop aufrufen siehe:
2. Klicken Sie auf Download Administrator Launcher
3. Installieren Sie die heruntergeladene Datei "mirth-administrator-launcher-latest-windows"

Docker Netzwerk mit Mirth-Connect

Für diese Übung werden verschiedene Anwendungen benötigt, die als Docker Container über ein Netzwerk zusammen geschaltet sind. Mit Hilfe von Docker-Compose können mit nur einem Befehl alle benötigten Container gestartet werden.

Folgende Container (Anwendungen) sind nach dem Starten von Docker-Compose online:

Container	Ports	Volumes	Grund
Mirth-Connect	8080, 8443	Ordner: /Setup/mirth-connect/	Hauptanwendung
Mirth-Connect Database	5434		Datenbank für Speicherung von Mirth-Connect
Hapi FHIR	8090		Hapi FHIR Server an dem die finalen gemappten FHIR Ressourcen gesendet werden
Hapi FHIR Database	5433		Datenbank für Speicherung von Hapi FHIR
ClinFHIR	8000		Browseranwendung zur graphischen Veranschauung von FHIR Daten

Mirth-Connect Ordnerstruktur

In der Übung soll Mirth-Connect auf die CSV-Dateien in einem definierten Ordner zugreifen und diese einlesen. Da Mirth-Connect abgekapselt in einem Docker Container läuft, wurde ein Ordner im Container auf einen lokalen Ordner im Computer gemappt. Weitere Informationen dazu sind in der Docker Dokumentation zu Volumes.

Docker Container Ordner: /opt/connect/appdata

Lokaler Ordner: /Setup/mirth-connect

Wichtig: Nur Dateien und Unterordner in dem Ordner /Setup/mirth-connect werden von Mirth-Connect erkannt.