DIGI+ Talent 跨域數位人才加速躍升計畫
本課程將以生物資訊的角度切入，對NGS(Illumina based)基因數據分析提供基本概念與實作分析進行全面介紹。主要目標是讓學員具有理論基礎及獨立的基因組分析操作能力，非常適合初學者。
課程中涵蓋關鍵概念和分析策略。 將探索由現代DNA測序技術帶來的一系列生物學問題，包括序列比對，遺傳變異鑑定，結構變異分析等。
- Course overview and Introduction to Linux
- Intruduction to NGS Technologies
- NGS Data Format and Analysis Flow
- NGS Alignment
- NGS Variant Calling (Germline/Somatic)
- NGS SV/CNV Calling
- NGS Variant Annotation for Clinical
- 計畫代號：ACD109058
- 計算資源：
- NCHC Taiwania 1 (台灣杉一號)
- Node 為 3 CPU core, 4GB RMA
- 使用方式：
- 採 PBSpro 送 job 進行相關的分析
- job queue 為
ngscourse
- 軟體安裝路徑
/pkg/biology/
- WES (PE)
/work1/ACD109058/NA12878MOD_1.fastq.gz/work1/ACD109058/NA12878MOD_2.fastq.gz
- hg19
/pkg/biology/reference/Homo_sapiens/GATK/hg19 - hg38
/pkg/biology/reference/Homo_sapiens/GATK/hg38
#!/bin/bash
#PBS -P ACD109058
#PBS -W group_list=ACD109058
#PBS -N FastQC_job
#PBS -l select=1:ncpus=3
#PBS -q ngscourse
#PBS -o /work1/ACD109058/queue_status/
#PBS -e /work1/ACD109058/queue_status/
#PBS -M [email protected]
#PBS -m e
/path/my_program –options seq_files- FASTQC 0.11.9
- BWA-0.7.17(r1188)
- samtools 1.10
- htslib 1.10.2
- bcftools 1.10.2
- sambamba 0.7.1
- bedtools2 2.29.2
- GATK 4.1.8.1
- vcftools 0.1.16
- JAX-CNV 1.1.0
- Annovar (2019Oct24)
- AnnotSV 2.4
- 2019 Genomic Epidemiology Workshop
- Applied Computational Genomics Course at UU