flowchart TB subgraph " " v2["Channel.fromPath"] v38["output_format"] v53["diamond_db_ch"] v57["taxdump_files"] v58["dbtype"] v61["prot_accession2taxid"] v89["Channel.fromList"] v110["Channel.from"] end subgraph AUTOMETA subgraph PROCESS_METAGENOME subgraph INPUT_CHECK v8([SAMPLESHEET_CHECK]) v12(( )) v14(( )) end v17([SEQKIT_FILTER]) end subgraph COVERAGE subgraph CALCULATE_COVERAGE v23([ALIGN_READS]) v26([SAMTOOLS_VIEW_AND_SORT]) v28([BEDTOOLS_GENOMECOV]) v30([PARSE_BED]) v10(( )) end v33([SPADES_KMER_COVERAGE]) end v39([PRODIGAL]) subgraph TAXONOMY_WORKFLOW subgraph NCBI subgraph TAXON_SPLIT v54([DIAMOND_BLASTP]) subgraph LCA v59([PREP_DBS]) v63([REDUCE]) v62(( )) end v68([MAJORITY_VOTE]) v71([SPLIT_KINGDOMS]) end end end subgraph KMERS v82([COUNT]) v84([NORMALIZE]) v86([EMBED]) end v92([MARKERS]) subgraph BIN v107([BINNING]) v121([BINNING_SUMMARY]) v109(( )) end v129([CUSTOM_DUMPSOFTWAREVERSIONS]) v9(( )) v50(( )) v90(( )) end subgraph " " v24[" "] v40[" "] v41[" "] v42[" "] v64["sseqid_to_taxids"] v65["error_taxid"] v72[" "] v93[" "] v108[" "] v122[" "] v123[" "] v124[" "] v126["versions"] v130[" "] v131[" "] v132[" "] end v2 --> v8 v8 --> v9 v8 --> v10 v8 --> v12 v8 --> v14 v12 --> v17 v17 --> v33 v17 --> v39 v17 --> v9 v17 --> v10 v17 --> v14 v17 --> v50 v10 --> v23 v23 --> v26 v23 --> v24 v23 --> v9 v26 --> v28 v26 --> v9 v28 --> v30 v28 --> v9 v30 --> v9 v30 --> v14 v33 --> v9 v33 --> v14 v38 --> v39 v39 --> v42 v39 --> v41 v39 --> v40 v39 --> v9 v39 --> v50 v39 --> v90 v53 --> v54 v50 --> v54 v54 --> v63 v54 --> v9 v57 --> v59 v57 --> v63 v57 --> v68 v57 --> v71 v57 --> v14 v58 --> v59 v58 --> v63 v58 --> v68 v58 --> v71 v58 --> v14 v59 --> v63 v59 --> v9 v61 --> v62 v62 --> v63 v63 --> v68 v63 --> v65 v63 --> v64 v63 --> v9 v68 --> v9 v68 --> v50 v50 --> v71 v71 --> v72 v71 --> v9 v71 --> v14 v14 --> v82 v82 --> v84 v82 --> v9 v84 --> v86 v84 --> v9 v86 --> v9 v86 --> v14 v89 --> v90 v90 --> v92 v92 --> v93 v92 --> v9 v92 --> v14 v14 --> v107 v107 --> v108 v107 --> v14 v107 --> v109 v110 --> v14 v14 --> v121 v121 --> v124 v121 --> v123 v121 --> v122 v121 --> v109 v109 --> v126 v9 --> v129 v129 --> v132 v129 --> v131 v129 --> v130