flowchart TB
    subgraph " "
    v2["Channel.fromPath"]
    v38["output_format"]
    v53["diamond_db_ch"]
    v57["taxdump_files"]
    v58["dbtype"]
    v61["prot_accession2taxid"]
    v89["Channel.fromList"]
    v110["Channel.from"]
    end
    subgraph AUTOMETA
    subgraph PROCESS_METAGENOME
    subgraph INPUT_CHECK
    v8([SAMPLESHEET_CHECK])
    v12(( ))
    v14(( ))
    end
    v17([SEQKIT_FILTER])
    end
    subgraph COVERAGE
    subgraph CALCULATE_COVERAGE
    v23([ALIGN_READS])
    v26([SAMTOOLS_VIEW_AND_SORT])
    v28([BEDTOOLS_GENOMECOV])
    v30([PARSE_BED])
    v10(( ))
    end
    v33([SPADES_KMER_COVERAGE])
    end
    v39([PRODIGAL])
    subgraph TAXONOMY_WORKFLOW
    subgraph NCBI
    subgraph TAXON_SPLIT
    v54([DIAMOND_BLASTP])
    subgraph LCA
    v59([PREP_DBS])
    v63([REDUCE])
    v62(( ))
    end
    v68([MAJORITY_VOTE])
    v71([SPLIT_KINGDOMS])
    end
    end
    end
    subgraph KMERS
    v82([COUNT])
    v84([NORMALIZE])
    v86([EMBED])
    end
    v92([MARKERS])
    subgraph BIN
    v107([BINNING])
    v121([BINNING_SUMMARY])
    v109(( ))
    end
    v129([CUSTOM_DUMPSOFTWAREVERSIONS])
    v9(( ))
    v50(( ))
    v90(( ))
    end
    subgraph " "
    v24[" "]
    v40[" "]
    v41[" "]
    v42[" "]
    v64["sseqid_to_taxids"]
    v65["error_taxid"]
    v72[" "]
    v93[" "]
    v108[" "]
    v122[" "]
    v123[" "]
    v124[" "]
    v126["versions"]
    v130[" "]
    v131[" "]
    v132[" "]
    end
    v2 --> v8
    v8 --> v9
    v8 --> v10
    v8 --> v12
    v8 --> v14
    v12 --> v17
    v17 --> v33
    v17 --> v39
    v17 --> v9
    v17 --> v10
    v17 --> v14
    v17 --> v50
    v10 --> v23
    v23 --> v26
    v23 --> v24
    v23 --> v9
    v26 --> v28
    v26 --> v9
    v28 --> v30
    v28 --> v9
    v30 --> v9
    v30 --> v14
    v33 --> v9
    v33 --> v14
    v38 --> v39
    v39 --> v42
    v39 --> v41
    v39 --> v40
    v39 --> v9
    v39 --> v50
    v39 --> v90
    v53 --> v54
    v50 --> v54
    v54 --> v63
    v54 --> v9
    v57 --> v59
    v57 --> v63
    v57 --> v68
    v57 --> v71
    v57 --> v14
    v58 --> v59
    v58 --> v63
    v58 --> v68
    v58 --> v71
    v58 --> v14
    v59 --> v63
    v59 --> v9
    v61 --> v62
    v62 --> v63
    v63 --> v68
    v63 --> v65
    v63 --> v64
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    v50 --> v71
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    v71 --> v9
    v71 --> v14
    v14 --> v82
    v82 --> v84
    v82 --> v9
    v84 --> v86
    v84 --> v9
    v86 --> v9
    v86 --> v14
    v89 --> v90
    v90 --> v92
    v92 --> v93
    v92 --> v9
    v92 --> v14
    v14 --> v107
    v107 --> v108
    v107 --> v14
    v107 --> v109
    v110 --> v14
    v14 --> v121
    v121 --> v124
    v121 --> v123
    v121 --> v122
    v121 --> v109
    v109 --> v126
    v9 --> v129
    v129 --> v132
    v129 --> v131
    v129 --> v130