diff --git a/make/makefile b/make/makefile
index 885d0663ab9..229db4c9bc3 100644
--- a/make/makefile
+++ b/make/makefile
@@ -6,35 +6,35 @@ include ./makedefaults
 # Define the source file directories
 SOURCEDIR1=../src
 SOURCEDIR2=../src/Exchange
-SOURCEDIR3=../src/Model
-SOURCEDIR4=../src/Model/Geometry
-SOURCEDIR5=../src/Model/TransportModel
+SOURCEDIR3=../src/Timing
+SOURCEDIR4=../src/Model
+SOURCEDIR5=../src/Model/Connection
 SOURCEDIR6=../src/Model/ModelUtilities
-SOURCEDIR7=../src/Model/Connection
-SOURCEDIR8=../src/Model/GroundWaterTransport
-SOURCEDIR9=../src/Model/GroundWaterFlow
-SOURCEDIR10=../src/Distributed
+SOURCEDIR7=../src/Model/GroundWaterFlow
+SOURCEDIR8=../src/Model/Geometry
+SOURCEDIR9=../src/Model/TransportModel
+SOURCEDIR10=../src/Model/GroundWaterTransport
 SOURCEDIR11=../src/Solution
-SOURCEDIR12=../src/Solution/PETSc
-SOURCEDIR13=../src/Solution/LinearMethods
-SOURCEDIR14=../src/Timing
+SOURCEDIR12=../src/Solution/LinearMethods
+SOURCEDIR13=../src/Solution/PETSc
+SOURCEDIR14=../src/Distributed
 SOURCEDIR15=../src/Utilities
 SOURCEDIR16=../src/Utilities/TimeSeries
-SOURCEDIR17=../src/Utilities/Libraries
-SOURCEDIR18=../src/Utilities/Libraries/rcm
-SOURCEDIR19=../src/Utilities/Libraries/sparsekit
-SOURCEDIR20=../src/Utilities/Libraries/sparskit2
-SOURCEDIR21=../src/Utilities/Libraries/blas
-SOURCEDIR22=../src/Utilities/Libraries/daglib
-SOURCEDIR23=../src/Utilities/Idm
-SOURCEDIR24=../src/Utilities/Idm/selector
-SOURCEDIR25=../src/Utilities/Idm/mf6blockfile
-SOURCEDIR26=../src/Utilities/Matrix
-SOURCEDIR27=../src/Utilities/Vector
-SOURCEDIR28=../src/Utilities/Observation
-SOURCEDIR29=../src/Utilities/OutputControl
-SOURCEDIR30=../src/Utilities/Memory
-SOURCEDIR31=../src/Utilities/ArrayRead
+SOURCEDIR17=../src/Utilities/Idm
+SOURCEDIR18=../src/Utilities/Idm/selector
+SOURCEDIR19=../src/Utilities/Idm/mf6blockfile
+SOURCEDIR20=../src/Utilities/ArrayRead
+SOURCEDIR21=../src/Utilities/Memory
+SOURCEDIR22=../src/Utilities/Matrix
+SOURCEDIR23=../src/Utilities/Vector
+SOURCEDIR24=../src/Utilities/Observation
+SOURCEDIR25=../src/Utilities/OutputControl
+SOURCEDIR26=../src/Utilities/Libraries
+SOURCEDIR27=../src/Utilities/Libraries/rcm
+SOURCEDIR28=../src/Utilities/Libraries/sparskit2
+SOURCEDIR29=../src/Utilities/Libraries/sparsekit
+SOURCEDIR30=../src/Utilities/Libraries/blas
+SOURCEDIR31=../src/Utilities/Libraries/daglib
 
 VPATH = \
 ${SOURCEDIR1} \
@@ -88,36 +88,10 @@ $(OBJDIR)/TableTerm.o \
 $(OBJDIR)/Table.o \
 $(OBJDIR)/MemoryHelper.o \
 $(OBJDIR)/CharString.o \
+$(OBJDIR)/InputDefinition.o \
 $(OBJDIR)/Memory.o \
 $(OBJDIR)/List.o \
-$(OBJDIR)/LongLineReader.o \
-$(OBJDIR)/DevFeature.o \
-$(OBJDIR)/MemoryList.o \
-$(OBJDIR)/TimeSeriesRecord.o \
-$(OBJDIR)/MathUtil.o \
-$(OBJDIR)/BlockParser.o \
-$(OBJDIR)/MemoryManager.o \
-$(OBJDIR)/TimeSeries.o \
-$(OBJDIR)/ats.o \
-$(OBJDIR)/GeomUtil.o \
-$(OBJDIR)/TimeSeriesLink.o \
-$(OBJDIR)/TimeSeriesFileList.o \
-$(OBJDIR)/tdis.o \
-$(OBJDIR)/HashTable.o \
-$(OBJDIR)/VectorBase.o \
-$(OBJDIR)/Sparse.o \
-$(OBJDIR)/DisvGeom.o \
-$(OBJDIR)/ArrayReaders.o \
-$(OBJDIR)/TimeSeriesManager.o \
-$(OBJDIR)/SmoothingFunctions.o \
-$(OBJDIR)/MemoryManagerExt.o \
-$(OBJDIR)/MatrixBase.o \
-$(OBJDIR)/ListReader.o \
-$(OBJDIR)/Connections.o \
-$(OBJDIR)/InputDefinition.o \
-$(OBJDIR)/TimeArray.o \
-$(OBJDIR)/ObsOutput.o \
-$(OBJDIR)/DiscretizationBase.o \
+$(OBJDIR)/simtdisidm.o \
 $(OBJDIR)/simnamidm.o \
 $(OBJDIR)/gwt1idm.o \
 $(OBJDIR)/gwt1ic1idm.o \
@@ -144,18 +118,46 @@ $(OBJDIR)/gwf3chd8idm.o \
 $(OBJDIR)/gwtgwtidm.o \
 $(OBJDIR)/gwfgwtidm.o \
 $(OBJDIR)/gwfgwfidm.o \
-$(OBJDIR)/TimeArraySeries.o \
-$(OBJDIR)/ObsOutputList.o \
-$(OBJDIR)/Observe.o \
+$(OBJDIR)/LongLineReader.o \
+$(OBJDIR)/DevFeature.o \
+$(OBJDIR)/MemoryList.o \
 $(OBJDIR)/IdmSimDfnSelector.o \
 $(OBJDIR)/IdmGwtDfnSelector.o \
 $(OBJDIR)/IdmGwfDfnSelector.o \
 $(OBJDIR)/IdmExgDfnSelector.o \
+$(OBJDIR)/TimeSeriesRecord.o \
+$(OBJDIR)/MathUtil.o \
+$(OBJDIR)/BlockParser.o \
+$(OBJDIR)/MemoryManager.o \
+$(OBJDIR)/IdmDfnSelector.o \
+$(OBJDIR)/TimeSeries.o \
+$(OBJDIR)/SourceCommon.o \
+$(OBJDIR)/MemoryManagerExt.o \
+$(OBJDIR)/ats.o \
+$(OBJDIR)/GeomUtil.o \
+$(OBJDIR)/TimeSeriesLink.o \
+$(OBJDIR)/TimeSeriesFileList.o \
+$(OBJDIR)/tdis.o \
+$(OBJDIR)/HashTable.o \
+$(OBJDIR)/VectorBase.o \
+$(OBJDIR)/Sparse.o \
+$(OBJDIR)/DisvGeom.o \
+$(OBJDIR)/ArrayReaders.o \
+$(OBJDIR)/TimeSeriesManager.o \
+$(OBJDIR)/SmoothingFunctions.o \
+$(OBJDIR)/MatrixBase.o \
+$(OBJDIR)/ListReader.o \
+$(OBJDIR)/Connections.o \
+$(OBJDIR)/TimeArray.o \
+$(OBJDIR)/ObsOutput.o \
+$(OBJDIR)/DiscretizationBase.o \
+$(OBJDIR)/TimeArraySeries.o \
+$(OBJDIR)/ObsOutputList.o \
+$(OBJDIR)/Observe.o \
 $(OBJDIR)/TimeArraySeriesLink.o \
 $(OBJDIR)/ObsUtility.o \
 $(OBJDIR)/ObsContainer.o \
 $(OBJDIR)/BudgetFileReader.o \
-$(OBJDIR)/IdmDfnSelector.o \
 $(OBJDIR)/TimeArraySeriesManager.o \
 $(OBJDIR)/PackageMover.o \
 $(OBJDIR)/Obs3.o \
@@ -164,7 +166,6 @@ $(OBJDIR)/Budget.o \
 $(OBJDIR)/BudgetTerm.o \
 $(OBJDIR)/sort.o \
 $(OBJDIR)/SfrCrossSectionUtils.o \
-$(OBJDIR)/SourceCommon.o \
 $(OBJDIR)/BoundaryPackage.o \
 $(OBJDIR)/VirtualBase.o \
 $(OBJDIR)/STLVecInt.o \
@@ -237,6 +238,7 @@ $(OBJDIR)/SparseMatrix.o \
 $(OBJDIR)/LinearSolverBase.o \
 $(OBJDIR)/ims8reordering.o \
 $(OBJDIR)/ModflowInput.o \
+$(OBJDIR)/IdmLogger.o \
 $(OBJDIR)/Integer2dReader.o \
 $(OBJDIR)/VirtualExchange.o \
 $(OBJDIR)/GridSorting.o \
@@ -268,7 +270,6 @@ $(OBJDIR)/RouterBase.o \
 $(OBJDIR)/ImsLinearSolver.o \
 $(OBJDIR)/ims8base.o \
 $(OBJDIR)/StructVector.o \
-$(OBJDIR)/IdmLogger.o \
 $(OBJDIR)/DefinitionSelect.o \
 $(OBJDIR)/InputLoadType.o \
 $(OBJDIR)/Integer1dReader.o \
diff --git a/utils/mf5to6/make/makefile b/utils/mf5to6/make/makefile
index ccf5741d638..0e3b414c298 100644
--- a/utils/mf5to6/make/makefile
+++ b/utils/mf5to6/make/makefile
@@ -5,10 +5,10 @@ include ./makedefaults
 
 # Define the source file directories
 SOURCEDIR1=../src
-SOURCEDIR2=../src/LGR
-SOURCEDIR3=../src/Preproc
-SOURCEDIR4=../src/MF2005
-SOURCEDIR5=../src/NWT
+SOURCEDIR2=../src/MF2005
+SOURCEDIR3=../src/NWT
+SOURCEDIR4=../src/LGR
+SOURCEDIR5=../src/Preproc
 SOURCEDIR6=../../../src/Utilities/Memory
 SOURCEDIR7=../../../src/Utilities/TimeSeries
 SOURCEDIR8=../../../src/Utilities