Sequence contains non-DNA characters

[pschaughency]

This error is coming up in 0.3.4 and does not come up in 0.3.1

Traceback (most recent call last):
File "Step1.py", line 151, in
main()
File "Step1.py", line 123, in main
desired_sequence = -chromosome_infile[chromosome][start:stop] #if negative strand, give reverse complement in fasta file
File "/data/zappadata_p2/pschaugh/RepTags/venv/lib/python2.7/site-packages/pyfaidx/init.py", line 105, in neg
return self[::-1].complement
File "/data/zappadata_p2/pschaugh/RepTags/venv/lib/python2.7/site-packages/pyfaidx/init.py", line 140, in complement
comp = self.class(self.name, complement(self.seq),
File "/data/zappadata_p2/pschaugh/RepTags/venv/lib/python2.7/site-packages/pyfaidx/init.py", line 591, in complement
raise ValueError("Sequence contains non-DNA characters: \n {0}".format(''.join(wrap_sequence(70, seq))))
ValueError: Sequence contains non-DNA characters:
ttgtatggttttgaatggtctacgtagttttagacacgatcctcccatcaaatatcacatttacgaatac
tatttgttcttctttctagaatttaattgttagattgtaatatggaatttcttcatctttttccctcttg
tgtgatttgggtttaggtcatcttcctttctttattatttctgatctcatgtctgttgactttatttctt
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tcttttacatccccgtgtcgaagtaccgtaacgtaaaccgttcctaaagaaccgatgctgtggctttcgt
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aacttatatataaagaggttactatatgtttactggttattcatgtacttttctacgagttgttgtactt
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gtctaaagtgtactaggtcgttaatgtggagacccatatatggagtttcttaattttcgtctcggagttt
ctctacaaagatgtgggtacaggtgttgtcgtaataagtgttatcagttttctaccttcgttgggttcac
agacaactgtctacttacctatttgttttacaccgtataggtgttttaccttataataaattggaatttt
tcctttttatta

[mdshw5]

This is not really a bug but a confused error message. Note in bold:

gttgtggaaaggtactattttttgtangtggtttgatccttgtcttcctttgatggagttgtattaattc

Only ACTGNactgYRWSKMDVHBXyrwskmdvhbx are IUPAC nucleotide codes.

[mdshw5]

Actually, I do think this is a bug, and I'll add a case to handle lowercase N characters.