Запустите defrag в гостевой системе (только для Windows) Обнулить свободное пространство:
- С гостем Linux:
dd if=/dev/zero of=/var/tmp/bigemptyfile bs=4096k ; rm /var/tmp/bigemptyfile
- С гостем Windows загрузите SDelete (http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb897443) и запустите это:
sdelete.exe c: -z (замените C: на букву диска VDI)
- Отключение гостевой ВМ
- С хостом Linux запустите это:
vboxmanage modifymedium --compact /path/to/thedisk.vdi