forked from refresh-bio/KMC
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathmakefile
130 lines (107 loc) · 3.68 KB
/
makefile
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
all: kmc
KMC_BIN_DIR = bin
KMC_MAIN_DIR = kmer_counter
KMC_API_DIR = kmc_api
KMC_DUMP_DIR = kmc_dump
KMC_TOOLS_DIR = kmc_tools
CC = g++
CFLAGS = -Wall -O3 -m64 -static -Wl,--whole-archive -lpthread -Wl,--no-whole-archive -std=c++11
CLINK = -lm -static -O3 -Wl,--whole-archive -lpthread -Wl,--no-whole-archive -std=c++11
KMC_TOOLS_CFLAGS = -Wall -O3 -m64 -static -Wl,--whole-archive -lpthread -Wl,--no-whole-archive -std=c++14
KMC_TOOLS_CLINK = -lm -static -O3 -Wl,--whole-archive -lpthread -Wl,--no-whole-archive -std=c++14
DISABLE_ASMLIB = false
KMC_OBJS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/kmer_counter.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/mmer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/mem_disk_file.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/rev_byte.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/bkb_writer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/cpu_info.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/bkb_reader.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/fastq_reader.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/timer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/develop.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kb_completer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kb_storer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kmer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/prob_qual.o
RADULS_OBJS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx.o
KMC_LIBS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/libs/libz.a \
$(KMC_MAIN_DIR)/libs/libbz2.a
KMC_DUMP_OBJS = \
$(KMC_DUMP_DIR)/nc_utils.o \
$(KMC_DUMP_DIR)/kmc_dump.o
KMC_DUMP_INVERTED_OBJS = \
$(KMC_DUMP_DIR)/nc_utils.o \
$(KMC_DUMP_DIR)/kmc_dump_inverted.o
KMC_DUMP_INDEXED_OBJS = \
$(KMC_DUMP_DIR)/nc_utils.o \
$(KMC_DUMP_DIR)/kmc_dump_indexed.o
KMC_API_OBJS = \
$(KMC_API_DIR)/mmer.o \
$(KMC_API_DIR)/kmc_file.o \
$(KMC_API_DIR)/kmer_api.o
KMC_TOOLS_OBJS = \
$(KMC_TOOLS_DIR)/kmc_header.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/kmc_tools.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/nc_utils.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/parameters_parser.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/parser.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/tokenizer.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_filter.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_reader.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_writer.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/percent_progress.o
KMC_TOOLS_LIBS = \
$(KMC_TOOLS_DIR)/libs/libz.a \
$(KMC_TOOLS_DIR)/libs/libbz2.a
ifeq ($(DISABLE_ASMLIB),true)
CFLAGS += -DDISABLE_ASMLIB
KMC_TOOLS_CFLAGS += -DDISABLE_ASMLIB
else
KMC_LIBS += \
$(KMC_MAIN_DIR)/libs/libaelf64.a
KMC_TOOLS_LIBS += \
$(KMC_TOOLS_DIR)/libs/libaelf64.a
endif
$(KMC_OBJS) $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_DUMP_INVERTED_OBJS) $(KMC_DUMP_INDEXED_OBJS) $(KMC_API_OBJS): %.o: %.cpp
$(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@
$(KMC_TOOLS_OBJS): %.o: %.cpp
$(CC) $(KMC_TOOLS_CFLAGS) -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.cpp
$(CC) $(CFLAGS) -msse2 -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.cpp
$(CC) $(CFLAGS) -msse4.1 -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx.cpp
$(CC) $(CFLAGS) -mavx -fabi-version=0 -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.cpp
$(CC) $(CFLAGS) -mavx2 -mfma -fabi-version=0 -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/instrset_detect.o: $(KMC_MAIN_DIR)/libs/vectorclass/instrset_detect.cpp
$(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@
kmc: $(KMC_OBJS) $(RADULS_OBJS) $(KMC_MAIN_DIR)/instrset_detect.o
-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
$(CC) $(CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_LIBS)
kmc_dump: $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
$(CC) $(CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^
kmc_dump_inverted: $(KMC_DUMP_INVERTED_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
$(CC) $(CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^
kmc_dump_indexed: $(KMC_DUMP_INDEXED_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
$(CC) $(CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^
kmc_tools: $(KMC_TOOLS_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
$(CC) $(KMC_TOOLS_CLINK) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_TOOLS_LIBS)
clean:
-rm $(KMC_MAIN_DIR)/*.o
-rm $(KMC_API_DIR)/*.o
-rm $(KMC_DUMP_DIR)/*.o
-rm $(KMC_TOOLS_DIR)/*.o
-rm -rf bin
all: kmc kmc_dump kmc_tools