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Passo00 - Instalacao dos pacotes.R
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#### INSTITUTO TECNOLOGICO VALE - DESENVOLVIMENTO SUSTENTAVEL ####
#### P0S-GRADUACAO EM USO SUSTENTAVEL DE RECURSOS NATURAIS EM REGIOES TROPICAIS ####
#### AULA PRATICA DE MODELOS DE DISTRIBUIÇÃO DE ESPÉCIES (SDM) ####
#### INSTALACAO AUTOMATICA DOS PACOTES E SOFTWARES NECESSARIOS ####
#### Scripts by Jeronymo Dalapicolla ####
####### OBJETIVOS: INSTALAR OS PACOTES DE R E BAIXAR O ARQUIVO DO MAXENT
#### 1. INSTALAÇÃO AUTOMATICA DOS PACOTES EM R NECESSÁRIOS ####
#executar os comandos abaixo para verificar se os pacotes já foram instalados. Se um pacote não foi instalado, ele será instalado automaticamente:
#Pacotes básicos para instalar outros pacotes:
if (!require('remotes')) install.packages('remotes'); library('remotes')
if (!require('BiocManager')) install.packages('BiocManager'); library('BiocManager')
if (!require('pacman')) install.packages('pacman'); library('pacman')
if (!require('devtools')) install.packages('devtools'); library('devtools')
#Pacotes do CRAN R:
if (!require('tidyverse')) install.packages("tidyverse"); library('tidyverse')
if (!require('biomod2')) install.packages("biomod2"); library('biomod2')
if (!require('dismo')) install.packages("dismo"); library('dismo')
if (!require('ENMeval')) install.packages("ENMeval"); library('ENMeval')
if (!require('maptools')) install.packages("maptools"); library('maptools')
if (!require('plyr')) install.packages("plyr"); library('plyr')
if (!require('rgdal')) install.packages("rgdal"); library('rgdal')
if (!require('raster')) install.packages("raster"); library('raster')
if (!require('sf')) install.packages("sf"); library('sf')
if (!require('rgeos')) install.packages('rgeos'); library('rgeos')
if (!require('rJava')) install.packages('rJava'); library('rJava')
if (!require('sampSurf')) install.packages('sampSurf'); library('sampSurf')
if (!require('sp')) install.packages('sp'); library('sp')
if (!require('usdm')) install.packages('usdm'); library('usdm')
if (!require('vegan')) install.packages('vegan'); library('vegan')
if (!require('rangeBuilder')) install.packages('rangeBuilder'); library('rangeBuilder')
#verificar se todos os pacotes estão careegando:
library(biomod2)
library(dismo)
library(ENMeval)
library(maptools)
library(parallel)
library(plyr)
library(raster)
library(rgdal)
library(rgeos)
library(rJava)
library(sampSurf)
library(sp)
library(tidyverse)
library(usdm)
library(vegan)
library(rangeBuilder)
library(sf)
##### 2. DOWNLOAD DO MAXENT ####
#A. Vá para a página: https://biodiversityinformatics.amnh.org/open_source/maxent/
#B. No retângulo "DOWNLOAD" há o botão "SUBMIT" e baixo dele a frase "I prefer to download without providing this information", clique nessa frase.
#C. Apacerá o botão "DOWNLOAD MAXENT", clique e espere o download terminar.
#D. Descompactar o arquivo "maxent.jar"
#E. É necessário copiar o arquivo "maxent.jar" para a pasta 'R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/dismo/java/', isto é dentro, da pasta do pacote 'dismo'. O endereço dessa pasta pode mudar de acordo com o sistema operacional e com a versao do R. Para achar o caminho para a pasta 'dismo', execute o comando:
system.file(package="dismo")
#F. Após copiar o arquivo para lá rode o comando abaixo para ver se você fez corretamente:
jar = paste(system.file(package="dismo"), "/java/maxent.jar", sep='')
if (file.exists(jar) & require(rJava)){
print("'maxent.jar' está na pasta correta")
}else{
print("'maxent.jar' precisa ser movido para a pasta dismo/java")
}
##END