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cervixincidens.R
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# Purpose: Incidenstrend för cervixcnacer #
# #
# Author: Erik Bülow #
# Contact: [email protected] #
# Client: Björn Strandfer #
# #
# Code created: 2015-05-28 #
# Last updated: 2015-05-28 #
# Source: /Users/erikbulow/Documents/cervix/bjorn #
# #
# Comment: Skript för att skapa ggplot2-graf med incidenstrender för cervixcancer .#
# Björn Strander vill jämföra VGR (där signifikant #
# förbättring/minskning finns) mot exempelvis hela riket, där en #
# minskning inte nödvändigtvis finns. Detta i syfte att illustrera att #
# VGR:s/Björns arbete har gett resultat. #
# #
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# #
# Förberedelser #
# #
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checkpoint::checkpoint("2015-05-28")
library(dplyr)
library(lazyeval)
library(ggplot2)
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# #
# Data #
# #
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# Källa: Socialstyrelsens statistikdatabas
incidenser <- list(
VGR = c(10.76, 11.13, 10.17, 12.9, 9.08, 7.75, 10.72, 9.44, 8.33, 7.15, 8.16, 4.95),
riket = c(9.76, 9.63, 9.99, 10.02, 9.31, 9.12, 9.41, 10.01, 9.93, 9.29, 9.13, 8.79),
Halland = c(10.27, 3.42, 10.5, 6.41, 5.75, 3.85, 11.36, 6.43, 6.79, 9.86, 6.54, 9.56),
Uppsala = c(9.32, 10.64, 9.84, 12.75, 8.63, 16.95, 7.13, 7.52, 13.62, 14.81, 14.04, 15.06)
)
STARTAR <- 2000
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# Data management #
# #
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# För vilka år gäller tidsserien?
ÅR <- seq(STARTAR, STARTAR + length(incidenser[[1]]) - 1, 1)
# Hjälpfunktion för data.frame för resp region
tidsserie <- function(incidens, region, år = ÅR) {
data_frame(incidens = unname(unlist(incidens)), region, år)
}
# Skapa data.frame med data för alla regioner
incidens_data <- Map(tidsserie, incidenser, names(incidenser)) %>%
rbind_all()
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# Graf mha ggplot2 #
# #
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ggplot(
data = incidens_data,
aes(x = factor(år), y = incidens, group = region, colour = region)) +
xlab("Diagnosår") +
ylab("Incidens") +
ggtitle("Incidenstrend för cervixcancer") +
geom_line(size = I(1)) +
geom_point() +
stat_smooth(method = lm, aes(fill = region)) +
scale_y_continuous(breaks = seq(0, 18, 1), limits = c(0, 18)) +
theme_gray(15)
ggsave("cervix_incidens.pdf")