properties_description.txt

BIOKG biomedical knowledge graph
All files are gzipped and tab seperated

Properties
The properties folder contains properties of the entities in the BIOKG

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# protein/protein_expression.txt.gz                                            #
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# Description:
Contains the tissues each protein is expressed in

# Format:
<uniprot_acc>  PROTEIN_EXPRESSED_IN <hpa_tissue>

# Sources:
HPA

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# protein/protein_go_biological_process.txt.gz                                 #
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# Description:
Contains go biological process annotations of proteins

# Format:
<uniprot_acc>  GO_BP <GO_id>

# Sources:
Uniprot

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# protein/protein_go_cellular_component.txt.gz                                 #
################################################################################

# Description:
Contains go cellular component annotations of proteins

# Format:
<uniprot_acc>  GO_CC <GO_id>

# Sources:
Uniprot

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# protein/protein_go_molecular_function.txt.gz                                 #
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# Description:
Contains go molecular function annotations of proteins

# Format:
<uniprot_acc>  GO_MF <GO_id>

# Sources:
Uniprot


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# protein/sequence_annotations/protein_active_site.txt.gz                      #
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# Description:
Contains active site sequence annotations of proteins in InterPro

# Format:
<uniprot_acc>  ACTIVE_SITE <IPO_ID>

# Sources:
Uniprot

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# protein/sequence_annotations/protein_binding_site.txt.gz                     #
################################################################################

# Description:
Contains binding site sequence annotations of proteins in InterPro

# Format:
<uniprot_acc>  BINDING_SITE <IPO_ID>

# Sources:
Uniprot

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# protein/sequence_annotations/protein_conserved_site.txt.gz                   #
################################################################################

# Description:
Contains conserved site sequence annotations of proteins in InterPro

# Format:
<uniprot_acc>  CONSERVED_SITE <IPO_ID>

# Sources:
Uniprot

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# protein/sequence_annotations/protein_domain.txt.gz                           #
################################################################################

# Description:
Contains domain sequence annotations of proteins in InterPro

# Format:
<uniprot_acc>  DOMAIN <IPO_ID>

# Sources:
Uniprot

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# protein/sequence_annotations/protein_family.txt.gz                           #
################################################################################

# Description:
Contains family sequence annotations of proteins in InterPro

# Format:
<uniprot_acc>  FAMILY <IPO_ID>

# Sources:
Uniprot

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# protein/sequence_annotations/protein_homologous_superfamily.txt.gz           #
################################################################################

# Description:
Contains homologous superfamily sequence annotations of proteins in InterPro

# Format:
<uniprot_acc>  HOMOLOGOUS_SUPERFAMILY <IPO_ID>

# Sources:
Uniprot

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# protein/sequence_annotations/protein_ptm.txt.gz                              #
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# Description:
Contains post transational modification sequence annotations of proteins in InterPro

# Format:
<uniprot_acc>  PTM <IPO_ID>

# Sources:
Uniprot

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# protein/sequence_annotations/protein_repeat.txt.gz                           #
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# Description:
Contains repeat sequence annotations of proteins in InterPro

# Format:
<uniprot_acc>  REPEAT <IPO_ID>

# Sources:
Uniprot

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# drug/drug_atc_codes.txt.gz                                                   #
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# Description:
Contains drug atc codes

# Format:
<drugbank_id>  DRUG_ATC_CODE <atc_code>

# Sources:
Drugbank

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# drug/drug_sideeffect.txt.gz                                                  #
################################################################################

# Description:
Contains drug sideeffect associations

# Format:
<drugbank_id>  DRUG_SIDEEFFECT_ASSOCIATION <meddra_id>

# Sources:
Sider

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# drug/drug_indication.txt.gz                                                  #
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# Description:
Contains drug indications

# Format:
<drugbank_id>  DRUG_INDICATION_ASSOCIATION <meddra_id>

# Sources:
Sider

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# cell/cell_tissue_membership.txt.gz                                           #
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# Description:
Contains categorises the tissues cells are part of

# Format:
<cell>  PART_OF_TISSUE <tissue>

# Sources:
HPA

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# disease/disease_tree.txt.gz                                                  #
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# Description:
Contains mesh heading tree for each disease

# Format:
<mesh_id>  DISEASE_SUPERGRP <mesh_heading_id>

# Sources:
MeSH

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# pathway/pathway_category.txt.gz                                              #
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# Description:
Contains drugbank pathway categories

# Format:
<pathway_id>  PATHWAY_CATEGORY <category>

# Sources:
Drugbank


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# pathway/pathway_parent.txt.gz                                               #
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# Description:
Contains relationships between Reactome pathways

# Format:
<pathway>  HAS_PARENT_PATHWAY <pathway>

# Sources:
Reactome

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# pathway/pathway_go_biological_process.txt.gz                                 #
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# Description:
Contains go biological process annotations of Reactome pathways

# Format:
<pathway_id>  PATHWAY_GO_BP <GO_id>

# Sources:
Reactome

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# pathway/pathway_go_cellular_component.txt.gz                                 #
################################################################################

# Description:
Contains go cellular component annotations of Reactome pathways

# Format:
<pathway_id>  PATHWAY_GO_CC <GO_id>

# Sources:
Reactome

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# pathway/pathway_go_molecular_function.txt.gz                                 #
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# Description:
Contains go molecular function annotations of Reactome pathways

# Format:
<pathway_id>  PATHWAY_GO_MF <GO_id>

# Sources:
Reactome

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# genetic_disorders/mim_categories.txt.gz                                      #
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# Description:
Contains medgen mim categories

# Format:
<mim_id>  CATEGORY <category>

# Sources:
MedGen