-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathcommand.Stacks.sh
346 lines (346 loc) · 15.8 KB
/
command.Stacks.sh
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
~/programs/stacks/bin/denovo_map.pl -T 14 \
-O /PATH/TO/Barcodes_files/popmap.txt \
-B stacks_user \
-b 1 \
-D "testing" \
-o /PATH/TO/RESULTS \
-e /share/programs/stacks/bin/ \
-S \
-m 10 \
-n 2 \
-X "ustacks:-p 14" \
-X "populations:-t 14 -r 0.75 --fasta --fasta_strict --vcf --genepop --structure --plink --phylip" \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/A_RS1.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/A_RS2.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/A_RS3.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/A_RS4.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/A_RS5.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/A_RS6.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/A_RS7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/A_RS8.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/BA34_1.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/BA34_2.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/BA34_3.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/BA34_4.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/BA34_5.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/BA34_6.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/BA34_7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/BA34_8.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/BA34_9.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO30_1.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO30_2.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO30_3.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO30_4.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO30_5.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO30_6.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO30_7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO30_8.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO30_9.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO31_1.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO31_2.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO31_3.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO31_4.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO31_5.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO31_6.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO31_7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO31_8.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/GO31_9.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/MG20_1.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/MG20_2.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/MG20_3.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/MG20_4.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/MG20_5.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/MG20_6.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/MG20_7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/MG20_8.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/MG20_9.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR51_1.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR51_2.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR51_3.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR51_4.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR51_5.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR51_6.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR51_7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR51_8.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR52_1.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR52_2.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR52_3.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR52_4.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR52_5.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR52_6.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR52_7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR52_8.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/PR52_9.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS16_1.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS16_2.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS16_3.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS16_4.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS16_5.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS16_6.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS16_7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS16_8.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS16_9.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS17_1.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS17_2.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS17_3.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS17_4.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS17_5.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS17_6.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS17_7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS17_8.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/RS17_9.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SC3_1.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SC3_2.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SC3_3.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SC3_4.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SC3_5.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SC3_6.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SC3_7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SC3_8.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SC3_9.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SP17_1.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SP17_2.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SP17_3.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SP17_4.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SP17_5.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SP17_6.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SP17_7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate1/SP17_8.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/A_RS10.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/A_RS11.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/A_RS12.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/A_RS13.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/A_RS14.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/A_RS15.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/A_RS16.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/A_RS17.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/A_RS9.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/BA34_10.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/BA34_11.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/BA34_12.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/BA34_13.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/BA34_14.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/BA34_15.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/BA34_16.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/BA34_17.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/BA34_18.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO30_10.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO30_11.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO30_12.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO30_13.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO30_14.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO30_15.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO30_16.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO30_17.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO30_7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO31_10.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO31_11.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO31_12.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO31_13.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO31_14.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/GO31_15.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/MG20_10.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/MG20_11.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/MG20_12.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/MG20_13.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/MG20_14.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/MG20_15.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/MG20_16.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/MG20_17.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/MG20_18.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR51_10.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR51_11.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR51_12.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR51_13.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR51_14.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR51_15.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR51_16.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR51_17.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR51_9.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR52_10.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR52_11.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR52_12.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR52_13.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR52_14.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR52_15.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR52_16.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR52_17.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/PR52_18.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS16_10.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS16_11.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS16_12.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS16_13.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS16_14.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS16_15.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS16_16.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS16_17.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS17_10.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS17_11.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS17_12.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS17_13.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS17_14.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS17_15.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS17_16.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS17_17.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/RS17_18.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SC3_10.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SC3_11.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SC3_12.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SC3_13.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SC3_14.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SC3_15.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SC3_16.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SC3_17.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SC3_18.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SP17_10.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SP17_11.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SP17_12.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SP17_13.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SP17_14.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SP17_15.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SP17_16.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SP17_17.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SP17_6.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate2/SP17_9.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/A_RS18.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/A_RS19.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/A_RS20.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/A_RS21.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/A_RS24.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/A_RS25.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/A_RS26.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/A_RS27.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/A_RS28.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/BA34_19.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/BA34_20.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/BA34_21.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/BA34_22.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/BA34_23.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/BA34_24.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/BA34_25.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/BA34_26.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/BA34_27.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO30_18.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO30_19.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO30_20.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO30_21.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO30_22.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO30_23.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO30_24.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO30_25.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO30_7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO31_16.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO31_17.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO31_18.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO31_19.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO31_20.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO31_21.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO31_22.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO31_23.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO31_24.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO31_25.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/GO31_26.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/MG20_19.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/MG20_20.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/MG20_21.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/MG20_22.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR51_18.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR51_19.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR51_20.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR51_21.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR51_22.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR51_23.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR51_24.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR51_25.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR51_26.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR52_19.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR52_20.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR52_21.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR52_22.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR52_23.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR52_24.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR52_25.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR52_26.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/PR52_27.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS16_18.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS16_19.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS16_20.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS16_21.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS16_22.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS16_23.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS16_24.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS16_25.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS17_19.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS17_20.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS17_21.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS17_22.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS17_23.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS17_24.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS17_25.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS17_26.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/RS17_27.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SC3_19.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SC3_20.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SC3_21.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SC3_22.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SC3_23.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SC3_24.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SC3_25.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SC3_26.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SC3_27.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SP17_18.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SP17_19.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SP17_20.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SP17_21.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SP17_22.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SP17_23.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SP17_24.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SP17_25.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SP17_26.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate3/SP17_6.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/A_RS29.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/A_RS31.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/A_RS32.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/A_RS33.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/BA34_28.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/BA34_29.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/BA34_30.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/GO30_26.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/GO30_27.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/GO30_28.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/GO30_29.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/GO30_30.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/GO30_7.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/GO31_27.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/GO31_28.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/GO31_29.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/GO31_30.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/MG20_23.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/MG20_24.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/MG20_25.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/MG20_26.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/MG20_27.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/MG20_28.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/MG20_29.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/MG20_30.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/PR51_27.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/PR51_28.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/PR51_29.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/PR51_30.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/PR52_28.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/PR52_29.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/RS16_26.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/RS16_27.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/RS16_28.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/RS16_29.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/RS16_30.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/RS17_28.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/RS17_29.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/RS17_30.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/SC3_28.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/SC3_29.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/SC3_30.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/SP17_27.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/SP17_28.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/SP17_29.fq.gz \
-s /PATH/TO/PROC_READS/KBPlate4/SP17_30.fq.gz