| author | date |
|---|---|
Samantha Rubo |
2024-08-31 |
Die Skripte in diesem Projekt dienen dazu, den Bedeckungsgrad auf Grundlage von RGB-Fotos zu berechnen.
Über die Kanal-Berechnung „2*green – red – blue“ wird der Green Excess Index gebildet, welcher in einem Grauwerte-Bild resultiert. Der Grenzwert (grau) zur Unterscheidung zwischen Pflanze (weiß) und Boden (schwarz) wird nach Otsu (1979; vgl. literatur/otsu.pdf) auf Grundlage des Histogramms bestimmt. Abschließend wird das Verhältnis der Anzahl weißer zu schwarzer Pixel berechnet, und als Bedeckungsgrad in Prozent ausgegeben.
Die Berechnung wie oben beschrieben erfolgt mit dem Skript analyses/batch.bedeckungsgrad.R. Um einen einfachen Workflow zu gewährleisten, wurde das RMD-file Beispiel_Batch_Berechnung.Rmd erstellt. Dort wird im oberen Teil des Skriptes der Ordner der Input-Bilder angegeben. Anschließend kann das Dokument geknitted werden. Die Ausgabe besteht aus
- einer CSV-Datei der Bedeckungsgrade
- den Ausgabe-Bildern (schwarz-weißer Bedeckungsgrad)
- neu skalierten Input-Bildern
- sowie dem zugehörigen PDF-Dokument des RMD-Skriptes, welche die Bedeckungsgrad-Bilder gegenüberstellt.
Die Order-Struktur des Projektes ist zu beachten:
- Input-Bilder unter data/input_images/….eigenerOrdner (vom Benutzer zu erstellen)
- Neu skalierte Input-Bilder unter data/input_images_resized/…eigenerOrdner (automatisch erstellt)
- Output-Bilder unter data/output_images/…eigenerOrdner (automatisch erstellt)
- Output-CSV unter data/Bedeckungsgrad_csv/… eigenerOrdner_Bedeckungsgrade.csv (automatisch erstellt)
Das Skript Beispiel_Batch_Berechnung.Rmd sollte vor jeder Durchführung (d.h neuer Ordner mit Bildern) im selben Ordner kopiert und umbenannt werden.
